Den tidligere utenriksministeren fikk støtte av 31 av de 50 medlemmene i landets nasjonalforsamling.
Motkandidaten, den mangeårige opposisjonslederen Matthew Wale, fikk 18 stemmer i den hemmelige avstemningen. Han har forsøkt å begrense Kinas grep om stillehavsnasjonen.
– Folket har talt, sier Manele, som er glad for at valget ikke ble preget av vold, slik det har vært før.
Eksperter tror at Manale vil opprettholde det tette båndet til Kina, selv om han oppfattes som mindre bombastisk enn forgjengeren, Manasseh Sogavare. Sogavare trakk seg fra valgprosessen tidligere i uka etter at han ikke klarte å samle flertall.
Salomonøyene er blant de fattigste landene i verden. Landets 720.000 innbyggere er fordelt på flere hundre øyer og korallatoller.